臺灣“八八水災”災情慘重，引發民怨，嚴重沖擊了馬英九及其團隊的政治聲望。而以劉兆玄為首的行政團隊更被批評救災不力，引發改組聲浪。2009年9月7日，臺行政機構負責人劉兆玄宣布請辭獲準，表示“八八水災”死亡、失蹤人數超過700多人，他要概括承擔起其中的政治責任。9月10日，劉兆玄率領行政團隊總辭。同一天，以吳敦義為負責人、朱立倫為副職負責人的臺灣新一屆行政團隊宣誓就職。這是馬英九上任以來，臺當局最大的一次人事變動。