據臺灣《聯合報》報道，劉兆玄八月十五日已向馬英九請辭，有一說當時兩人共識就是“劉九月初走人、馬另覓新任”隨后，劉兆玄率人南下做好災民安置與重建，“先壓下民怨”。為避免影響士氣，當局刻意釋放“馬劉體系”不動的煙霧彈，行政系統更放出劉兆玄留任的訊息。同一時間，馬英九已私下展開一場驚心動魄的改組大計劃。

　　最終，馬英九延攬吳敦義出任“行政院長”。馬吳兩人共同決定拔擢朱立倫接“副院長”，征詢過程上星期后半段完成。九月六日晚間劉兆玄再度向馬英九請辭，并獲首肯。

　　一肩扛責 劉兆玄留下漂亮身影

　　劉兆玄本可繼續局部改組行政團隊，以實際政績力挽施政聲望。不過，年輕時就曾以“上官鼎”筆名從事過武俠小說寫作的他，自有一套風格：不妥協、不低頭，大俠一出手就是迥異于小兵小卒。當他在記者會上宣布總辭時，不少媒體都以“一條漢子”來形容，贊其下臺身影漂亮。

　　幕僚說，敢做敢當不戀棧正是劉兆玄的風格。這位將門之后，長年浸淫學術界的閣揆，有他自己“上臺、下臺”準則。去年五月二十日上臺前夕，他就已定出下臺三條件，只要人民對行政團隊滿意度、總統對行政團隊滿意度、自己對行政團隊的滿意度有一項不滿意，他就走人。

　　這三下臺條件，從油電雙漲開始到綠卡事件、金融海嘯、失業率飆高等，一路走來，反對派要求下臺聲浪從沒斷過，但他從不覺得有過不去的難關；憑其多年從政經驗，與堅強的任謗任尤精神，最后都能過關斬將挺過去。

　　但幕僚說，這一次莫拉克真的讓劉兆玄刻骨銘心，一夕間造成七百多人死亡失蹤，他做為“行政院長”，內心的不安與煎熬，可說是日夜翻攪，難以言喻。幕僚說，依三條件下臺是很容易的，選擇先安頓好民心，把后續安置重建工作做好再下臺，卻是很困難的，因為這得忍受馬劉支持度的再創新低、得忍受島內政客的無情謾罵。

　　劉兆玄慣有的責任感驅使他做出“先救災安置再談下臺”的決定。終于，安置告一段落了，劉兆玄也選擇依底層民意要他下臺的聲音，毅然下臺。

　　劉母懇托：成全兆玄吧

　　上官鼎回來了

　　八月十八日即八八水災發生后第十天，馬英九召開重要記者會。人在臺北的劉兆玄不僅缺席，從前一天十七日的傍晚開始，劉兆玄就在媒體面前突然“消失三十六小時”。知情人士指出，以劉兆玄的“大俠”性格，既然提出請辭，對職位一定不戀棧；但馬英九在前一天再三拜托劉兆玄忍辱負重，等災后重建工作打下基礎后，辭職九月初再說。

　　劉兆玄不忍辜負馬英九所托，決定面對責難，扛起千頭萬緒的災后重建工程。劉兆玄并與馬英九兩人達“不能說的秘密”默契，保密到家。

　　九月六日晚上，馬英九驅車前往臺北新生南路劉兆玄母親的家中夜探，與劉兆玄談到深夜。九十多歲的劉母鍾畹芳以懇托的語氣說：“謝謝肯定與提拔，但請成全兆玄的決定(請辭)吧。”此語一出，馬英九知道侍親至孝的劉兆玄這回一定會聽媽媽的話，是不回頭了。

　　七日下午三時許，“新聞局”發出短信通知媒體記者，表示劉兆玄要開記者會。四時半，劉兆玄舉行記者會宣布，八八水災死亡、失蹤超過七百多人，他將一肩扛起所有政治責任，一再向馬英九請辭終于獲準，本月十日將帶領行政當局各主管部門負責人總辭。外界原本以為劉兆玄要宣布改組名單，沒想到是請辭獲準，現場媒體記者一陣愕然。

　　臺灣當局領導人辦公室發言人王郁琦表示，馬英九高度肯定并感謝劉兆玄自任職以來的貢獻，以及忍辱負重、勇于負責的精神；并認為，劉兆玄留下行政首長擔負政治責任的典范。有官員說，過去兩個星期，劉兆玄帶領的重建團隊工作迅速、確實，績效有目共睹；當局針對災民所做的民調顯示，劉兆玄滿意度已大幅回升。

　　國民黨“立委”紛紛予以肯定。邱毅說，劉兆玄昨天的表現，讓他覺得“過去那個有大俠之風的上官鼎又回來了”，行政團隊總辭等于是政治責任的表現。

　　吳育升也認為劉兆玄的請辭有助化解馬當局壓力，他說，以劉兆玄高度的自信風格，絕無法忍受輿論最近的批判，“可以嗅到總辭的味道。”賴士葆則認為，劉兆玄把責任一肩扛下，對整個“政府”有很大的加分作用，負面評價洗刷不少，但他也斷言，劉兆玄下臺后，中生代接班梯隊已然形成，劉應無東山再起的機會。

　　官員看電視才知已失業

　　劉兆玄從決定走人，到宣布行政團隊總辭長達二十三天，但團隊成員沒人知道劉兆玄要走，直到記者會才得知消息。

　　雖然官員們表面上平靜，但其實大家私下都很關心改組進度，不少人昨天下午都盯著電視，心情跟著劉兆玄記者會起伏。有媒體透過幕僚想得知“官員看總辭”的心情，幕僚苦中作樂地說，“怎么看總辭？就是看電視啊！”

　　法務主管王清峰對劉兆玄這段時間遭受外界的批評感到不忍，她認為劉果決明快、堅忍不拔，只要是對的事，劉都會支持，在他手下非常好作事。