根據海峽兩岸關系協會與臺灣海峽交流基金會簽署的安排如下：

　　一、時段：周末包機時段為每周五至下周一計四個全天。自七月四日起正式開始實施。

　　二、航點：大陸方面同意先行開放北京、上海（浦東）、廣州、廈門、南京五個航點，并陸續開放成都、重慶、杭州、大連、桂林、深圳，以及其他有市場需求的航點。臺灣方面同意開放桃園、高雄小港、臺中清泉崗、臺北松山、澎湖馬公、花蓮、金門、臺東等八個航點。

　　三、班次：雙方同意在周末包機初期階段，每周各飛十八個往返班次，共三十六個往返班次。根據市場需求等因素適時增加班次。

　　每周臺灣方面至上海（浦東）的班次不超過九個往返班次；大陸方面至臺中清泉崗的班次不超過六個往返班次。

　　四、搭載對象：雙方同意凡持有效旅行證件往返兩岸的旅客均可搭乘客運包機。

　　五、飛行航路：雙方同意盡快協商開通兩岸直達航路和建立雙方空管方面的直接交接程序。在直達航路開通前，包機航路得暫時繞經香港飛行（航）情報區。

　　首次周末包機于7月4日啟動，4日當天，共有18班包機往返兩岸，大陸航空公司分別由北京、上海（浦東）、廣州、廈門和南京5個首批開放航點往返臺北桃園和松山兩個機場，臺灣公司則由臺北、臺中、高雄、花蓮、澎湖5城市飛往北京、上海、廣州、廈門。

　　兩岸公司首月包機計劃均已排定，共計144個往返班次，從兩岸機場來看，抵離北京27班、上海70班、廣州31班、廈門12班，新開的南京航點也將有4班飛行；臺北桃園機場56班、臺北松山機場77班、高雄、臺中、澎湖、花蓮機場各有不超過5班的包機抵離。

　　首月包機的航線班期集中在周五和周日，分別有67班和40班往返，周日和周一則分別有19班和18班包機飛行。