1991年12月16日，為了適應(yīng)臺(tái)灣當(dāng)局授權(quán)成立財(cái)團(tuán)法人海峽交流基金會(huì)（簡(jiǎn)稱“海基會(huì)”）后的新形勢(shì)，推動(dòng)海峽兩岸關(guān)系向前發(fā)展，國(guó)務(wù)院授權(quán)成立了專職處理兩岸交流事務(wù)的社團(tuán)法人海峽兩岸關(guān)系協(xié)會(huì)（簡(jiǎn)稱“海協(xié)會(huì)”）。20年來(lái)，海協(xié)會(huì)秉持“促進(jìn)海峽兩岸交往，發(fā)展兩岸關(guān)系，實(shí)現(xiàn)祖國(guó)和平統(tǒng)一”的宗旨，在中共中央和中臺(tái)辦、國(guó)臺(tái)辦的直接領(lǐng)導(dǎo)下，做了大量的工作，在兩岸交流互動(dòng)中扮演了不可或缺的重要角色，對(duì)于推動(dòng)兩岸人民往來(lái)、增進(jìn)彼此的了解、理解，推動(dòng)兩岸經(jīng)濟(jì)合作、實(shí)現(xiàn)互利互惠，推動(dòng)兩岸文化大交流、豐富中華文化的內(nèi)涵，確保兩岸交流的正確方向及其秩序與效率，發(fā)揮了積極的作用。在某種意義上可以說(shuō)，沒(méi)有海協(xié)會(huì)的特殊角色及其所起的作用，就不會(huì)有兩岸今天的大交流大合作大發(fā)展局面的形成。
回顧這20年來(lái)海協(xié)會(huì)的經(jīng)歷，大致可分為三個(gè)階段。
第一個(gè)階段從海協(xié)會(huì)成立起到2000年5月約7年多的時(shí)間。這個(gè)時(shí)期兩岸關(guān)系的特點(diǎn)是起起伏伏、時(shí)好時(shí)壞、欲進(jìn)還退。海協(xié)會(huì)成立之初，與海基會(huì)在進(jìn)行事務(wù)性商談的過(guò)程中，歷經(jīng)曲折反復(fù)，磨合出“九二共識(shí)”（即：各自以口頭表述的方式表明“海峽兩岸均堅(jiān)持一個(gè)中國(guó)原則”）這一互動(dòng)的政治基礎(chǔ)。其后，兩岸兩會(huì)先后進(jìn)行了包括第一次“汪辜會(huì)談”在內(nèi)，各種層級(jí)的17次商談和1998年10月的政治對(duì)話，簽署了4項(xiàng)協(xié)議，對(duì)解決兩岸交流中的具體問(wèn)題，維護(hù)兩岸同胞的正當(dāng)權(quán)益，促進(jìn)兩岸經(jīng)貿(mào)合作和各項(xiàng)交流的開(kāi)展，起了積極作用。第一次“汪辜會(huì)談”實(shí)現(xiàn)了兩岸高層人士40多年來(lái)的首次會(huì)晤，邁出了“兩岸關(guān)系發(fā)展中歷史性的重要一步”。然而由于臺(tái)領(lǐng)導(dǎo)人李登輝逐步背離“一中原則”，特別是其1995年訪美期間大搞分裂活動(dòng)，并于1999年汪道涵即將訪臺(tái)前夕發(fā)表“兩國(guó)論”言論，致使兩岸關(guān)系發(fā)展的政治基礎(chǔ)迭遭破壞與挑戰(zhàn)，祖國(guó)大陸不得不同以李為代表的分裂勢(shì)力進(jìn)行堅(jiān)決斗爭(zhēng)，兩岸關(guān)系陷入緊張狀態(tài)，兩會(huì)的制度性聯(lián)系協(xié)商機(jī)制遂告中斷。
