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海峽兩岸農業技術合作中心依托福建農林大學，主要任務是加深兩岸農業技術交流，充分發揮兩岸的技術優勢，合作研發農業高新技術，促進兩岸農業產業融合，為解決兩岸農業面臨的重大技術問題提供智力支持。中心的設立是農業部繼建設海峽兩岸農業合作試驗區、設立臺灣農民創業園之后，推出的又一重要舉措。
據介紹，福建農林大學率先開展臺灣現代農業科技系統研究，目前擁有45個博士點專業，研究生3000余人，各類農業科技教學科研人員2400余人。近年來先后與臺灣大學、中興大學、嘉義大學等91所高校和科研機構進行了交流與合作，與32所臺灣農業高等院校和科研機構簽訂了合作協議；先后承擔了5項農業部“948”項目，引進了臺灣各類優質農產品良種和優異種質資源；該校在涉及兩岸農業科技產業創新方面的研究成果，先后獲得了國家技術發明獎二等獎、國家科技進步三等獎。
