楊念祖（中）涉論文抄襲，昨晚向馬英九請辭，就任臺灣防務部門負責人才6天。圖為6日上午至臺灣立法機構參加“軍審法”修法協商。（張鎧乙攝）
據臺灣《中國時報》報道，上任六天即請辭的臺灣防務部門負責人楊念祖編的書距今已6年，3年前他當防務部門副負責人時沒人提，到任防務部門負責人不到一周就有人爆料，步步進逼，這是臺灣軍方典型的內斗手法。楊念祖編的書，是由前軍情部門二處廖文中上校捉刀，楊念祖與軍情部門的互動關系，局外人哪會曉得？
臺灣軍方內部有人認為，洪仲丘案發生時，高華柱人在海外，楊代理負責人一職，但走的人卻是高華柱，楊反是最大獲利者；楊上任后，軍審移出選擇站在民意這塊，沒有守住軍方底線，讓軍中內部決心出重手。楊是局中人，知道幕后有高人指點“倒楊”，自知小辮子落入人手，難以善了，只能請辭。
臺灣軍方高層稱，楊當防務部門負責人這6天，也只是影子，軍方內部還有地下負責人在下指導棋。洪仲丘案之初，軍方就開始斗，沒人料到這把火竟控制不住，最后燒到防務部門負責人高華柱。
洪仲丘案受到關注的時間是在7月9日。防務部門要求陸軍開記者會，但陸軍要公布調查報告時，防務部門卻又不同意。由于高華柱人在海外，軍方是楊念祖與參謀總嚴明當家。嚴明沒碰過這種軍紀大案，支持防務部門，讓陸軍派個副司令在防務部門開記者會，但說得不清不楚，果然引起社會嘩然。
隔日陸軍見事態不妙，公布第一波包括542旅旅長沈威志等懲處名單，仍未平息不滿。防務部門總督察長夏復華中將向嚴明建議擴大懲處，只要辦到陸軍司令李翔宙，外界就會平息。結果嚴明建議記李翔宙申誡一次，仍未平息民怨。
這段期間，陸軍一直想把案情攤開來說，但房務部門就是不同意，認為陸軍是事主，自己說未必說得好、說得對，且陸軍調查并不周延。
陸軍原定16日李翔宙開記者會道歉。但防務部門一聽，提前15日晚由剛返臺的高華柱親自開記者會，由總督察部與軍高檢說明案情。16日，542旅副旅長何江忠被押，全案進入偵辦。直到5日，為了旌忠狀是誰的主意，防務部門與陸軍還在斗。防務部門發新聞稿撇清責任，指旌忠狀頒發與馬英九和防務部門負責人無關。
臺軍中恩怨因洪仲丘案臺面化，意外把高華柱拉下馬，還讓文人楊念祖得利，讓很多既得利益者很難接受。
之所以斗這么兇，一是洪仲丘案沖擊太大，軍方亂了方寸，彼此互推責任；二是兩嚴一李的微妙互動(兩嚴，指的是嚴明與副參謀總長嚴德發上將，一李則是李翔宙)。李本來是接嚴明的熱門人選，所以嚴明會防，李到8月任滿陸軍司令二年，若因洪仲丘案跨臺，嚴德發就可接陸軍司令。嚴德發日前開頸部手術，圍著白色護圈，但只要發現媒體在會趕快取下，以免讓外界認為他身體不好。
就這樣，“二嚴一李”彼此無信任之下，一面處理洪仲丘案危機，一面互防對方的突襲。最后，“文人部長”楊念祖出線，打亂了軍方高層布局。本來是高華柱明年交棒交給軍人接任。高華柱意外中箭落馬，讓軍中山頭很難接受。楊念祖被軍方內部懷疑在關鍵時刻沒有挺高華柱，所以必須斗垮，斗臭。
當然，斗倒楊念祖，也有軍系對馬英九不滿的意味。
