在臺灣，大陸通過的新國安法雖然不如《反分裂國家法》通過時那么激烈，但仍算得上轟動。
據臺灣“今日新聞”報道，臺灣方面陸委會主委夏立言1日下午視察海基會時，有媒體問及是否會針對大陸國安法提出抗議，夏立言表示，“應該是會，應該是要做這樣的事情”，因為此舉對臺灣是很不禮貌的。隨后媒體追問，是否會在當天內就提出抗議？夏立言的態度卻又出現退縮，以“我覺得抗議這個字不是我們隨便用的”做為回復。
7月1日晚間，陸委會發表新聞稿說，“大陸任何片面作為，都無法改變中華民國是主權國家及兩岸互不隸屬的事實”。新聞稿說，大陸方面片面通過國安法，未正視兩岸分治現實及尊重臺灣人民對維持臺海現狀的堅持，不利于兩岸關系良性互動發展。
臺灣“中央社”報道說，國民黨2016“總統”準候選人洪秀柱競選辦公室7月1日晚發表聲明表示，中共新國安法第11條的規定，顯示兩岸矛盾與不信任并不會因民間頻繁交流而減少;我們愿在顧及雙方核心堅持、平等與尊嚴的前提下，與大陸方面共商解決兩岸問題。國民黨籍“立法委員”紀國棟認為，大陸這次通過新國安法就跟上次的反分裂國家法如出一轍，沒有跟臺灣這里溝通協調就徑自發布，當然會引起臺灣不悅，“朝野”感受都一樣。
民進黨發言人鄭運鵬1日表示，民進黨要求“政府”必須嚴正響應，捍衛臺灣的“國家利益跟尊嚴”。
香港中評社稱，臺灣方面的這些反應，在大陸的預期之內。站在大陸的立場，夏立言及國民黨的態度，是令人遺憾、失望的。大陸新國安法涉及臺灣，是重要的政治宣示，是必須的，不會因為臺灣方面的反對，而修改或刪去有關條文。
中國社科院臺灣研究所研究員王建民2日對《環球時報》說，綠營的態度并不奇怪，它一貫對大陸的政策作出對抗姿態。但這次讓人感到意外的是，陸委會的表態非常強硬，尤其是“兩岸互不隸屬”的表述。王建民認為，兩岸關系自去年以來已經發生了深刻變化，對抗大陸的情緒在擴大、蔓延。雖然兩岸交流在擴大，但政治裂痕也在擴大。
有島內涉臺學者表示，“維護國家主權、統一和領土完整，是包括港澳同胞和臺灣同胞在內的全中國人民的共同義務”，這句話其實沒有什么具體的要求，就是政治上的一種宣示，這個“一個中國”的宣示，對大陸來說是很重要的，但是對兩岸關系并不會起什么變化。再說了，搞“臺獨”的人才會怕，不搞“臺獨”，你怕什么怕？
與港臺部分人的擔心相比，澳門就平靜多了。據澳門《力報》2日報道，特區政府表示，維護國家安全是包括澳門居民在內的全體中國公民的共同責任。《澳門基本法》第23條明確規定澳門特區應自行立法維護國家安全的憲制責任。據此，澳門特區已于2009年制定《維護國家安全法》，履行有關憲制責任。澳門特區將一如既往地推進憲法和《澳門基本法》的教育，鞏固和發展愛國愛澳優良傳統，為維護國家安全做出應有的努力。
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