要讓菲律賓讓步，臺灣的籌碼在哪里？臺灣《聯合報》5月13日的就菲律賓打死臺灣漁民事件發表社論說：盡管菲律賓在外交上堅持“一中原則”，但在兩岸關系漸入佳境的形勢下，我方在談判上不啻擁有更大空間，這可能是較“凍結菲勞”更有力的籌碼。在釣魚島爭議硝煙中，臺方和日本簽署的漁業合作協議，其間“中國因素”的作用不言而喻。
馬英九是否會趁勢與大陸合作，處理此次事件？臺灣《中國時報》的一篇評論認為，馬英九無法沖破美日與“臺獨”挾持。該評論說，馬英九不與大陸連手保釣，不簽署兩岸軍事互信，而是發表“東海和平倡議”，與日本簽“臺日漁業協議”，形成變相“連日美抗中”。這次事件很可能也一樣，出現類似臺日漁業協議現象，但臺灣最終只能是自我孤立。
寄希望于美國，被認為是臺灣可能的選擇。《聯合報》13日的分析文章說，臺菲沒有“邦交”，兩國要坐下來談判，還是得透過共同的盟友美國居中調解。“解決爭端的戰場，不只在巴士海峽的北緯20度線，華盛頓是雙方無可回避的場合”。 《中國時報》的文章對此公開警告說：過去提起領海爭議，馬英九三句話離不開和平，但國際社會的乖乖牌，救不了自己的人民，也捍衛不了國家的主權。
臺灣政大教授張士賢13日接受《環球時報》采訪時認為，臺灣在國際間的地位確實非常尷尬，許多國際事務都非常被動，必須要有美國、日本等大國的幕后協助，尤其是美國長時間都具備“維系臺灣生存”的力量。美國是菲律賓的宗主國，也是臺灣的“保護國”，當然不可能因為一條船、一個人的生死就讓他的兩個“小弟”打起來。
張士賢說，這次事件臺灣是苦主，如果美國公正的話，應當是要求菲國“對臺灣道歉”，但美國卻臺菲各打二十大板，要雙方“克制”，這其實是很明顯在“壓制臺灣”，而且美國的立場又決定了手下的一群小弟對臺灣的態度。【駐菲律賓、泰國、英國記者 黃棟星 于景浩 孫微 駐臺北特約記者 蕭師言 記者 邱永崢】
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