自上世紀八十年代兩岸民間開始交往以來，兩岸司法互助從無到有，從個案合作走向規范化制度化建設，合作范圍逐步擴大，合作機制不斷發展，合作成效不斷顯現。兩岸司法互助已經成為兩岸關系和平發展的重要組成部分，也為鞏固和深化兩岸關系和平發展提供了法制保障。1990年9月10日，兩岸紅十字會組織在金門達成《海峽兩岸紅十字會組織在金門商談達成有關海上遣返協議》(簡稱《金門協議》)，開啟了兩岸司法互助的進程。2009年4月26日，大陸海協會和臺灣海基會在南京簽署《兩岸共同打擊犯罪與司法互助協議》(簡稱《司法互助協議》)，是兩岸司法互助承前啟后的里程碑，標志著兩岸司法互助進入了新的歷史階段。20多年來，兩岸在司法互助領域取得了巨大成績，未來也面臨諸多挑戰。
兩岸刑事司法互助
1987年，臺灣當局開放大陸老兵回祖國探親，開啟了兩岸民間往來的大門。隨著兩岸交往的密切，兩岸間非法入境及其他刑事犯罪案件也隨之增多。發生在1990年的“閩平漁5504號事件”和“閩平漁5202號事件”凸顯了在缺乏兩岸合作的情況下，臺方野蠻遣返非法偷渡人員造成的人道災難，客觀上促進了兩岸的合作接觸。1990年9月10日，兩岸紅十字會組織在金門達成《金門協議》，開通了兩岸雙向遣返渠道，也結束了此前兩岸對重大罪犯的遣返只能通過國際刑警組織及外國分部實施個案合作的歷史。
據有關部門統計，自《金門協議》簽署以來至2009年初，兩岸實施雙向遣返作業212批，雙向遣返38936人。含大陸接回偷渡人員3.85萬人，向臺方遣返非法入境和刑事嫌犯366人，包括走私、販毒、洗錢、詐騙等多種刑事嫌犯、罪犯。其中，2007年1月大陸遣返臺灣重大通緝犯陳益華、黃玉蘭等兩個電信詐騙團伙要犯，引起很大反響。
