9月1日  達(dá)賴訪臺嚴(yán)重沖擊兩岸關(guān)系，原定多項交流活動取消。

福建實行臺灣居民入境預(yù)受理,方便臺胞通關(guān)。

9月3日  廣西頒布《關(guān)于支持臺資企業(yè)發(fā)展的若干政策措施》。

9月4日  兩岸證券投資論壇舉行，業(yè)者稱各具優(yōu)勢具互補空間。

兩岸合出《康熙朝起居注冊》，還原真實清史資料。

9月6日  首條大陸船公司開通的“廈門－臺中”客滾直航航線正式開啟。

第五屆海峽旅游博覽會開幕,兩岸旅游界共商合作。

9月7日  臺灣中華兩岸旅游產(chǎn)業(yè)發(fā)展協(xié)會和福建師范大學(xué)在廈門簽訂《閩臺旅游產(chǎn)學(xué)發(fā)展合作協(xié)議》，進(jìn)一步推進(jìn)兩岸教育資源共享及兩岸旅游人才培養(yǎng)。

首個兩岸直航客船與搜救中心合作計劃在廈門啟動。

海峽兩岸簽署首份檢驗檢疫合作備忘錄。

以“海峽旅游，合作共贏”為主題的第五屆海峽旅游博覽會在廈門正式開館。

9月9日  中國金融學(xué)會副會長、中國人民銀行副行長蘇寧率大陸金融代表團(tuán)抵臺參訪。

大陸首家臺商獨資產(chǎn)險機構(gòu)獲保監(jiān)會批準(zhǔn)。

9月10日  中國紅十字會總會代表團(tuán)赴臺灣災(zāi)區(qū)慰問。中國紅十字會做出計劃，擬安排1億元人民幣的社會捐款與臺灣紅十字組織合作，共同參與臺灣災(zāi)后重建項目，幫助臺灣受災(zāi)同胞早日恢復(fù)正常生活。

福建先行先試推進(jìn)海峽兩岸司法交流和協(xié)作互助。

9月11日  中國紅十字會進(jìn)入高雄縣重災(zāi)區(qū)了解災(zāi)情慰問災(zāi)民。

9月12日  臺計劃放寬在港澳工作內(nèi)地居民赴臺游條件。

臺灣少數(shù)民族團(tuán)體向災(zāi)民發(fā)放大陸2000萬專項捐款。

大陸公安機關(guān)破獲兩岸不法分子系列電信詐騙案。

9月14日  中國紅十字會總會代表團(tuán)一行結(jié)束在臺行程返回大陸。中國紅十字會總會常務(wù)副會長江亦曼離臺前接受新華社記者采訪時表示，這是大陸紅十字組織首次深入臺灣災(zāi)區(qū)考察災(zāi)情，中國紅十字會總會將與臺灣紅十字組織一道，共同商定援建項目。

9月16日  大陸八家航空公司赴臺投資案全獲通過。

浙江出臺29條意見幫助臺資企業(yè)渡難關(guān)。

福建首次成批次大規(guī)模組織高校學(xué)生赴臺學(xué)習(xí)。

9月17日  中華臺北籃協(xié)決議開放球員赴大陸打球。

9月20日 國臺辦就高雄市決定播放熱比婭影片一事發(fā)表談話。

中國國務(wù)院臺辦主任王毅在南昌出席“二00九贛臺(南昌)經(jīng)貿(mào)研討會”活動，會見了到會的中國國民黨副主席蔣孝嚴(yán)、新黨主席郁慕明等到會臺灣嘉賓。

9月21日  “2009贛臺經(jīng)貿(mào)合作研討會”簽約資金逾14億美元。

“輝煌六十年——中華人民共和國成立六十周年成就展”二十一日繼續(xù)對公眾開放。其中，專題展的第十一單元，用大量文獻(xiàn)、圖片和視頻等多媒體技術(shù)，全面介紹兩岸關(guān)系發(fā)展取得的歷史性成就。

大陸少數(shù)民族交流團(tuán)赴臺展開賑災(zāi)義演。

9月22日 第14屆海峽兩岸影視文化交流與合作座談會在臺舉行。

分別60年來首次團(tuán)圓,北京故宮文物即將赴臺“尋親”。

9月23日  中國國民黨主席吳伯雄2在臺北會見了以國家民委副主任楊健強為總顧問的大陸少數(shù)民族大學(xué)生文化交流團(tuán)一行。

臺灣海基會董事長江丙坤表示，根據(jù)大陸統(tǒng)計，各界對臺灣風(fēng)災(zāi)的捐款，實際入帳和已同意捐款金額可能高達(dá)人民幣9.6億元(約新臺幣45億元)，是大陸最大規(guī)模的援助行動。

廈金海底直達(dá)光纜建設(shè)已著手勘察設(shè)計。

9月25日  在臺灣發(fā)生“莫拉克”風(fēng)災(zāi)后，于8月下旬赴臺實地組裝并指導(dǎo)臺方相關(guān)人員的10名大陸活動板房技術(shù)人員圓滿完成工作，離臺返鄉(xiāng)。

9月26日  兩岸鄉(xiāng)親廈門同祭孔，金門縣長李炷烽等跨海參加。

9月27日  2009第二屆兩岸師生聯(lián)合祭孔大典在新竹舉行。

9月28日  臺盟中央、全國臺聯(lián)在京舉辦建國60周年國慶招待會。

兩岸依協(xié)議共同打擊犯罪,首采直航模式遣返人犯。

大陸臺生會就大陸學(xué)歷采認(rèn)提“四正一沒有”。

240名參與國慶觀禮臺胞抵京組全國臺聯(lián)觀禮團(tuán)。