其中，“支持科技金融創新、建設新型科研機構、深港經濟科技合作”是國務院賦予深圳自主創新示范區的三道“令箭”，也是該條例的重點內容。

　　進行專利等知識產權保險試點

　　深圳是國家首個以城市為基本單元的自主創新示范區。2014年5月，國務院在批復意見中明確要求深圳，“要充分發揮創新資源聚集和體制機制靈活的優勢，積極開展激勵創新政策先行先試”，支持深圳“在科技金融改革創新、建設新型科研機構、深港經濟科技合作新機制等方面進行積極探索”。

　　首先，科技金融創新方面，《條例》支持在示范區內的金融保險機構開展科技保險產品創新，進行專利等知識產權保險試點，發展科技保險，建立保險快速理賠通道，為初創期科技企業提供創業風險保障。

　　政府扶持創新也提供了一條證券化通道，《條例》規定，市區政府通過科技券等方式支持研究開發、技術轉移、檢驗檢測認證、創業孵化、知識產權、科技咨詢、科技金融等專業服務和綜合科技服務。

　　與知名研究機構合作可申請財政支持

　　深港經濟科技合作方面，《條例》提出，探索深港兩地聯合資助研發項目資金、儀器設備跨境使用，促進科技人員、財政科技資金在兩地自由流動。

　　《條例》允許取得香港專業資格的專業人士為前海深港現代服務業合作區的組織和個人提供專業服務，并逐步擴展示范區范圍，具體辦法由行業主管部門商有關部門制定。

　　打造新型科研機構方面，《條例》規定，示范區內組織與知名研究機構建立合作關系所開展的科研項目符合示范區規劃和產業政策的，可視為示范區內科研項目，依規定申請財政資金支持。

　　《條例》支持示范區內組織和個人參與大型國際科技合作計劃，吸引知名科研機構、頂尖科學家和團隊到示范區聯合組建研發機構，開展核心技術研究和產業化應用研究。

　　保證創新主體的空間資源需求

　　空間資源現已成為吸引創新主體的重要因素，盡管深圳土地資源緊缺，《條例》依然作出“耕者有其田”的保證。

　　一是繼續保留高新區原協議出讓土地的規定，深圳灣園區（原高新區）內協議出讓的產業用地，禁止轉讓或擅自抵押，市政府另有規定的除外。因破產、清算、自愿或強制遷出深圳灣園區的，應由市規劃國土部門收回土地使用權。

　　二是示范區內土地實行嚴格管理，合理設置土地競買人條件，保證產業用地符合發展規劃。

　　三是保障重點產業空間需求，通過城市更新、支持舊工業區升級改造、利用自有土地建設等方式加大創新型產業用房建設力度。

　　四是建立工業用地和產業用房出租制度，鼓勵通過租賃的方式滿足創新創業企業的空間需求，租賃期滿且項目發展符合預期的，企業可續租或同等條件下優先購買該租賃土地和用房。